出所した後の2006年11月、別の事件で他県警察に逮捕された51歳の男が自分が真犯人である旨自供。2007年1月17日に甲の親族へ経緯を説明し富山県警察が謝罪、1月19日に記者会見で事実が判明した。また、これを受けては、甲の無罪判決を求める再審請求を富山地裁に行った。また、1月29日に富山地検の検事正が甲に直接謝罪した。
再審の論告公判は8月22日に行われ、検察側は無罪を求刑し、2007年10月10日に無罪判決が言い渡された。また検察側が控訴する権利を放棄したため判決はそのまま確定。
無実となった甲は真犯人発覚後にマスコミのインタビューに答え、尋問した刑事から「身内が間違いないと認めている」と告げられ弁明しても聞いて貰えず、罪を認めざるを得ない状況に陥ったと答えている。また、同意すること以外は意見を述べることを刑事から禁じられた上で、刑事の言うことが事実だという念書を書かされ署名させられていたとも告白している。同様の捜査手法は、同じく冤罪が確定した志布志事件でも採られている。すなわち、「お前の家族も、お前が犯人だと言っている」と告げたり、偽造まがいの手法により作られた家族の手紙を見せることで、被疑者を絶望に追い込み、自暴自棄になったところで自白を採るという手法が行われた。
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無罪判決が確定したものの、取調べをした警察官等の証人尋問及び処分が実施されていないなど冤罪事件が発生した真実が解明されておらず、今後、国家賠償訴訟を起こすことを甲側が明らかにしているため、この訴訟によって真相についての解明は待たれる見通しである。2009年5月14日提訴。
再審では尋問した取調官の証人尋問が却下されている。藤田敏裁判長が「ただ単に無罪判決を出す手続きにすぎない」と理由を述べたためで、この発言に対し、「本気で真相を究明し、反省する気があるのか」という疑問や非難が出た。